Un gruppo di cinque prigionieri fuggiti dall'assedio di Richmond nella guerra di secessione americana su un pallone aerostatico naufragano su di un isola vulcanica all'apparenza deserta e decidono di chiamarla Isola Lincoln. Il gruppo, con l'aiuto del geniale ingegnere Smith, sono in grado di mantenersi sull'isola, producendo di tutto: fuoco, mattoni, ceramiche, ferro e nitroglicerina. Decidono poi di costruire una nave per affrontare il mare riuscendo a stabilire anche la loro posizione geografica. Con il procedere degli avvenimenti nell'isola si manifestano fatti inesplicabili: come Smith sia riuscito a sopravvivere alla sua caduta dal pallone, il salvataggio del suo cane da una bestia marina, una cassa piena di equipaggiamento con armi e utensili, il ritrovamento di un messaggio in bottiglia con una richiesta di aiuto. Con la nave appena costruita il gruppo decide di esplorare la vicina Isola di Tabor dove trovano un naufrago, tale Ayrton, che si era stabilito lì al termine del romanzo "I figli del capitano Grant" e decidono di portarlo sull'isola Lincoln. Dopo essere scampati ad una tempesta durante il ritorno si perdono, ma ritrovano la strada per l'Isola Lincoln grazie a un fuoco che nessuno aveva acceso. Giungono sull'isola anche gli ex compagni del naufrago: una ciurma di pirati che vogliono impossessarsi dell'isola, dopo alcuni combattimenti la nave pirata viene distrutta e i pirati ritrovati morti senza alcuna ferita visibile. Il segreto dell'isola a questo punto viene svelato...